Arnavutköy, Osmanlı zamanında idari yönden Galata Kadılığı’na bağlıydı. Galata Köprüsü’ne uzaklığı 8,5 km olan semt, günümüzde Beşiktaş İlçesi’ne bağlıdır.  Hıristiyanlıktan evvel “Hestai” olarak bilinen köyün, bu ismi bayırlarda yer alan kireç ocaklarından aldığı bilinmektedir.
Arnavutköy’ün “Hestai” olarak bilindiği dönemlerde Megara ve Argos’dan buraya koloni kurmaya gelen Yunanlılar, köyün ilk halkını oluşturmuşlardır. Çok tanrılı bir dine inanan Yunanlıların burada bir tapınakları da bulunmaktaydı.
M.S. 3.yy’da Roma Konsülü Promotos’un bölgeye bir villa inşa ettirmesi üzerine, “Promotos” olarak anılan köy daha sonraki yıllarda “Anaplous” olarak anılmıştır. Hıristiyanlığın İstanbul’a kadar ulaşmasından sonra İmparator Konstantinos  bu dini Doğu Roma’nın resmi dini ilan etmiş ve köy halkı Hıristiyan olmuştur.
Konstantinos çok tanrılı döneme ait tapınağın bulunduğu yere Ayios Mikhailaion Kilisesi’ni yaptırmıştır. İmparator Konstantinos’un Ayios Mikhailaion Kilisesi’ni inşa ettirmesinden sonra da burası “Mikhailaion” olarak anılmıştır. Bu kilisenin Latin istilasında yağmalanmasından sonra mabedin taşları Rumeli Hisarı inşaatında kullanılmıştır. Birçok ayazma ve kilise yapılan semte daha sonraları “Melekler Köyü” anlamına gelen “Horasmoto” adı yakıştırılmıştır.
İstanbul’un fethinden sonra Rumlar semte “Asomaton” demişler, zamanla da “Megalu Revmatos” (Büyük Akıntı) olarak değiştirmişlerdir. Mega Revma halkının çoğunluğunun kökeni Marmara’nın Silivri, Tirilye, Mudanya gibi sahil kasabalarıyla Milos, Andros, Tinos, Naksos, Paros, Sakız gibi Ege’deki Yunan adalarından gelmekteydi. Akıntıburnu’ndan geçerken türlü zahmetler çektiklerinden dolayı denizciler de buraya “Diaboluque Revma” (Şeytan Akıntısı) adını vermişlerdir.
Arnavutköy semtinin, Fatih Sultan Mehmet’in Arnavutluk ve Epir’e egemen olmasından sonra buradan getirilen Arnavutlar’ın köye yerleştirilmesiyle bu adı aldığı sanılmaktadır. İlk Arnavut cemaatinin, o zamanlar bakımsız ve harap olan köye 1468 yılında yerleştirildiği bilinmektedir.
1540′lı yıllarda  üzüm bağlarıyla kaplı olan köyün adının Arnavutköy olduğu kaynaklarda geçmemekle beraber 1568′de Bostancıbaşı’na gönderilen bir fermanda “Bostancıbaşı’ya hüküm ki Arnavutköy bağları Hassa-i Hümayun için koru iken bazı kimseler anda şikar ettikleri işitilmiştir.” denerek halkın buralarda avlanmasının yasaklanması istenmektedir. Arnavutköy isminin bu tarihler arasında verildiği ortaya çıkmaktadır.
İsmini Arnavut göçmenlerinden alan köy, Arnavutların köyü terk etmesinden sonra da ismini muhafaza etmiştir. Bir kanıya göre, bu Arnavutların Ortodoks Hıristiyan oldukları ve daha sonra Rumlaştıkları söylenmektedir.
16. yüzyılda bağları ve bahçeleriyle, esintili havasıyla Boğaz’ın en ünlü mesire yerlerinden biri olan Arnavutköy, 19. yüzyıla kadar Rum ve Musevilerin yerleşim bölgesi olmuştur.
Evliya Çelebi Arnavutköy’ün 17. yüzyıl manzarasından şöyle bahsediyor:
“Leb-i deryada bin kadar bağlı bahçeli mamur haneleri vardır ki cümle Rum ve Yahudi’ye mahsus olup cami, mescid, imaret yoktur. Bir küçük hamamı vardır. Dükkanları dar mahalde vaki olduğundan bağ ve bahçesi azdır. Ekmeği ve peksimedi beyazdır. Yahudileri, sahib-i zevk ve ehl-i sazdır. Rum Hıristiyanlarının ekseri kavmi lazdır. Cemaati Müslimini gayet azdır.”
1887 yılındaki yangından sonra köyde bulunan Yahudilerin büyük bir kısmı köyü terk etmiş, onların yerine de Türkler yerleşmiştir. Türkler savaşlarda, sınırlarda silah altında bulunurken, azınlıklar askerlik mükellefiyetinden muaf olduklarından dolayı devamlı işlerinin başında, maddi kaygılardan uzak, rahat ve müreffeh bir hayat sürmekteydiler.
Evliya Çelebi Yahudilerin zevk sahibi ve saz ehli olduklarından söz ederken, Sultan III. Ahmed zamanında İstanbul’da bulunan Lady Montagu da şöyle söylemektedir: “Zengin tüccarların hepsinin Yahudi olduklarını gördüm. Bu memlekette onların akıl almaz bir nüfuzu ve Türklerden üstün imtiyazları var. Adeta memleket içinde kendi kanunlarıyla idare olunan bir cumhuriyet kurmuşlar. Kendi aralarındaki son derece sıkı bağlılığa karşı Türkler hem gevşek hem de ticarete karşı hevessiz. Onun için de Yahudi, bütün ticareti avucunun içine almış.”
III. Selim’in ilk zamanlarında düzenlenmiş olan bir Bostancıbaşı defterine göre sahil boyunda yer alan yalıların hemen hemen tamamı Rum zenginlerine aitmiş. 1820′den itibaren Mora ayaklanmasına Rum zenginlerinin destek verdiğini öğrenen II. Mahmud Rumların gayri menkullerine el koyarak Musevi ailelerine devretmiştir. Arnavutköy’de 1654′den beri Musevilerin varlığından söz etmek mümkün. Küçük bir hastaneleri de mevcutmuş. Tayyareci Suphi Sokak ile Tekke Sokağı’nın kesiştiği noktada bulunan kalıntıların Ezehayım Sinagogu’na ait olduğu bilinmektedir.
1887′deki yangında evlerinin ve sinagoglarının yanması sonucu Museviler semti terk eder ve Yahudi nüfusunun yoğun olduğu Ortaköy, Balat ve Kuzguncuk gibi semtlere yerleşirler. 1792′deki bir arzuhalden anlaşıldığına göre 200 yılı aşkın bir süre Ermenilere de ev sahipliği yapan köyde Ermeni kilisesi olmadığından dolayı ibadet için komşu semt olan Kuruçeşme’ye gidilirmiş. Küçük Ermeni ilkokulu öğrenci azlığından dolayı 1930′lı yıllarda kapanmış.
1908′de II. Meşrutiyet’in ilan edilmesine kadar geçen zaman içinde Mega Revma halkı kendi içişlerini kilise mütevelli heyeti öncülüğünde, zenginlerin maddi desteğiyle hallediyordu. Halkın tamamını ilgilendiren önemli konuları ise Galata Kadılığı’na ve Bostancıbaşı’na bildirmek zorundaydılar. II. Mahmud’un muhtarlık sistemini getirmesinden sonra muhtarlar tayin edilmiştir O dönemde halkın çoğunluğu Rum olduğundan dolayı muhtarlar Rumlardan seçilmiştir.
Şirket-i Hayriyye’nin 1912′de yayınladığı Boğaziçi Salnamesinde Arnavutköy hakkında şöyle bir bilgi verilmektedir:
“Köprüden 4,7 mil (8,5 km) uzaktadır. Şirket vapurları köprüden bu iskeleye 22 dakikada ulaşırlar, Arnavutköy’ün üçte biri bayır üzerinde, ikisi dağ yamacındadır. Kısmen  poyraz alır fakat gün doğusu rüzgarına tamamen açıktır. Bu cihetle birkaç defa hemen kamilen denilecek derecede yanmıştır. Binalarının kargir ve muntazam olması ve sokakların tesviye görmüş bulunması da buna delalet eder…Arnavutköy  hal ve manzara itibariyle bir küçük Beyoğlu vaziyetindedir. Bu köyün yevmi verdiği yolcu 1550 nüfustur. Yazın buraya misafirliğe giden nüfusun miktarı 350 kadardır. Günlük vasati hasılatı 1625 kuruşa varır.”
Antik dönemden beri yerleşim bölgesi olan Arnavutköy vadi ve yamaçlar üzerine kurulu olduğundan ve kısmen  poyraz aldığından ve gün doğusu rüzgarına açık olduğundan ötürü çıkan yangınlar genelde köyün tamamını etkisi altına almıştır. Depremlerin de etkisiyle Antik dönemden günümüze kalan bir yapıya rastlanmamaktadır. Arnavutköy’de çıkan büyük yangınlar köyün dokusunu tamamen değiştirmiştir