İstanbul’dan gelişe göre ilk ada olmasından dolayı “Proti” denirdi. Fetih’ten sonra kırmızımsı (demir oksitli) toprağından dolayı Kınalıada ismi verilmiştir. Manastırın yakınındaki taşlardan dolayı “Akonitis” de denilmiştir (DeUrbitus, Amsterdam. 1578, R. Janin, Constantinople).
En geniş yeri 750 metre olup doğusu, güneyi ve batısı falez halindedir. Çınar (115 m), Manastır (93 m) ve Teşvikiye (115 m) tepeleri bulunmaktadır. Ağaçları en az, fakat denize girme olanakları en fazladır. Çok az rıhtım yapıldığı için denizle kucaklaşması, çevre yürüyüş yollarını romantizm içinde tutar. Deniz kıyısı boyunca kahve ve lokantalar sıralanır.
Adanın ilk çağlarındaki hayatı hakkında fazla bilgi yoktur. Ancak Bizans dönemine ait (Gustave Sclumberger’in “Les Iles Des Princes” adlı incelemesi başta olmak üzere) kayıtlar bu dehşetli günleri yansıtmaktadır.
1182′de Yunanlıların Latinleri katlettikleri sırada, birkaç bin olan Ada halkı, korkudan gemilerle kaçmış, köyünün büyük bir bölümü yakılmıştır (1204 tarihinde IV. Haçlıların İstanbul ve civarına yerleşmeleri 55 yıl sürmüş, buralarda Latin imparatorluğu kurulmuştu).
1204′de Latinlerin, 1302′de Elbe korsanlarının yağmasına uğrayan ada daha sonra Venediklilerin saldırısına hedef olmuştur. Akdeniz korsanları Adayı yağma etmiş, halkın çoğunu öldürmüşlerdir. 1545 yılında adayı gezen Fransız gezgin Pierre Giles o tarihlerde meskun olduğunu kaydetmiştir (Literatürde Gilius olarak da geçmektedir). Ancak, köy daha sonra bilinmeyen bir tarihte yıkılmıştır. Bugünkü yerleşimin 19. yüzyılın ortalarında başladığı kabul edillir.
Bin yıl boyunca ada nüfusunun inişli çıkışlı bir grafik çizdiği görülmektedir. Adanın Bizanslılar zamanında yerleşim yeri güneydoğudaki iç limanın arkası idi (bugün doldurulmuş durumdadır). 1934 yılı Şehir Rehberi’ndeki haritasına bakıldığı zaman 45×75 metre boyutlarındaki 3375 m²’lik küçük koy Adanın güzel bir lidosu olarak görülmektedir.
Kınalıada Bizans devrinde de bugünkü gibi çıplak/ağaçsız olmasından dolayı mahkumların kaçma ihtimaline karşı daha kolay görülebilmesi ve de en yakın ada olmasından dolayı en çok sürgün gönderilen yerdi.
Kınalıada, içindeki tüm dini yapıları ve bunlarla bulunan eşya ile birlikte (16. yüzyılın ilk yarısında) 3250 kuruş karşılığında Kalhedon (Kadıköy) metropolitliğine satılmıştı. Metropolit buradaki manastırı kilisesine bağlamış, fakat 1748′de Nicomedie (İzmit) metropoliti olunca, daha sonra III. Joannice namıyla İstanbul patriği olan (Heybeliada Aya Yorgi Manastırı dolayısıyla kaydettiğimiz) J. Karaca’ya satıyor. Kınalıada’daki papazlar da, diğer adalarda olduğu gibi manastır ve kilisenin etrafındaki boş alanları ekip biçerler, yiyeceklerini buradan karşılarlardı.
Doğu-Roma /Bizans imparatorları I. Mikael Rangabe (811-813), I. Romenos Lekapinos ve V. Leon ve ailesi ile Genaral Vartanios, Kınalıada tarihinde önemli roller oynamışlardır.
Adaya ilk yerleşen Ermeniler Anglikan Protestan mezhebinden idiler. Yerleşmelerin nedeni siyasiydi. Bunlar İstanbul ve Anadolu’da İngilizler tarafından teşkilatlandırılmışlardı. Görüldüğü gibi Kınalıada bilinen tarihi içinde mülkiyet ve halkı bakımından çok çeşitli evrelerden geçmiştir.