Kınalıada tarihinde manastırlarla ilgilenen ilgili Bizans İmparatorları Romanos I. Lakapenos, Leon Armenien ve Romanos IV. Diogenis’dir. Batı ve Osmanlı literatüründe Romen Diyojen olarak adı geçen Romanos IV. Diogenis’in hayatı, Kınalıada, Bizans, Selçuklu tarihlerinden ibretli sayfalardır.
Yukarı Manastır’ın kurucusu R. Diogenis’tir. Bu manastır V. Leon Armeni’nin mezarının bulunduğu yerde, zamanımıza kadar birkaç defa yıkılıp yeniden yapılmıştır. En önemli yapısı Romanos IV. Diogenis tarafından yapılmıştır. O da dostlarının ihanetine kurban gitmiştir. Diogenes’in manastırı son şekliyle “Hristos” (Metamorfozis/Transfigürasyon) ismiyle anılmaktadır. Manastır adanın en yüksek noktasında kurulmuştur.

Romanos Diogenes 1071′de, Anadolu’ya giren Selçukluları durdurmak için büyük bir ordu düzenlemiş, kuvvetli mancınıklar yanına almış olmasına rağmen, Malazgirt Ovası’nda strateji hataları yaparak, Alparslan’a mağlup olmuştur. Hacı olmak üzere Kudüs’e gitmiş; bu fırsattan yararlanan kimseler tahtını elinden almak için feci bir plan hazırlamışlardır. İzmit’e geldiği zaman, bir manga asker üzerine çullanarak gözlerini oymuş sonra bir kayığa konulup Kınalıada’daki adı geçen manastırına atılmıştır. Gözlerinin yarası bakımsızlıktan onu kısa zamanda ölüme götürmüştür. Kendi yaptırdığı manastıra gömülmüştür. Bu manastıra sürgün edilenler arasında Leon Fokavarda, Nikoforos Votonyatis de vardır.
Zamanımızda diğer imparator ve ailelerine ait lahitler kaybolmuş bulunmaktadır. Ancak mahzeninde tozla karışmış bakiyeleri vardır. Manastır 19. yüzyılda hayırseverler tarafından onarılmıştır. Bugünkü şeklini kazandıran son onarım, 1909′da ölen ve kilisenin hemen yanında anıt mezarı olan fabrikatör, askeri iaşe (yiyecek) mübayaacısı (müteahhidi) Simonaki Sinyosoğlu tarafından gerçekleştirilmiştir. Burası uzun zamanlar İstanbul Rum cemaatinin kızlar yetimhanesi iken, bir bölümünde de 1924 yılında Rus kızları için İngiliz yetimhanesi yapıldı.
Su sağlamak için onarılan Bizans sarnıçlarının sonuncusunun antresinde 50 metre uzunluğunda bir duvar bulunmaktadır. Bu duvar, Romanos Diyogenis tarafından yaptırılan manastırdan kalan yegane parçadır.
Hristos Manastırı hakkında Patrik II. Sphonis (1774-1780) tarafından yazılmış bir mektup bulunmaktadır. 1778 tarihli mektupta manastırın giderlerinin Galata’da oturan Riolu  (şimdiki Sakızadalı) tüccarlar tarafından karşılandığından bahsetmektedir. Buradaki durum çok ilginçtir. 3250 kuruş karşılığında manastır, içindeki eşyaları ve Kınalıada ile birlikte Kalkedon (Kadıköy) metropolitliğine satılıyor.
1748′de manastırı, Joannice Caraca satın alıyor. J. Caraca, Joannice III unvanı ile İstanbul patriği olmuştur. O da 2500 kuruş karşılığında, imanın yüksek memurluğunu yapan Portari Diamanti’ye, Diamanti de manastır üzerindeki haklarını  Prens Alexander Hipsilanti’ye satıyor. Prens Manastırı tamir ettiriyor, etrafına ağaçlar diktirip bir de bağ oluşturuyor (Alexandre Buduris. Kınalıada ve Manastırları). Manastır 19. yüzyılın başlarında tahrip oluyor. 20 Şubat 1807 tarihinde bir İngiliz filosu on gemi ile adanın önüne geliyor. Buradaki olaylarda manastır zarar görüyor. Hipsilanti’nin bütün gayretlerine rağmen, bundan sonra manastır parlak bir yaşam görememiştir.
İşte bu sıralarda (İstanbul gezgin ve yazarlarından) Charles Pertusier adayı gezdiğinde, manastırı diğer adadakilerden daha zayıf durumda bulmuştur. 1845 yılından sonra sadece Grekler tarafından ziyaret ediliyordu.
Hipsilanti tarafından desteklenen Yunan Bağımsızlık Savaşı’ndan (1821-1829) beri Patrikhane Manastır üzerindeki haklarını yeniden kazanmışsa da, adaya Ermenilerin yerleşmesini önleyememiştir. Günümüzde manastır binaları birkaç misafiri daha çok yaz aylarında barındırmakta, canlılığını kaybetmiş vaziyettedir.