Fener semtinin tarihi İstanbul’un ilk kuruluşuyla başlar. Ermeni yazarı Farblı Lazar’ın (5. yüzyıl) dediğine göre: İmparator Konstantinus, Bizantion adını taşıyan küçük şehre gelerek, mevkiin güzelliğini ve yerleşmeye çok elverişli  olduğunu gördü. Yapılması lazım gelen işlerin ağırlığını anladı ise de, yarımada için hiçbir şey esirgemedi; çünkü şehrin yalnız garp tarafındaki ufak bir kara kısmından başka, diğer üç yanı denizle çevrili idi. İmparator derhal işe başlayarak, adanın iç kısmında bulunan tepeleri düzelttirdi ve surların inşa planını çıkardı.

Zosimos’un ve Kodinos’un anlattıklarına göre, ilk defa İmparator Büyük Konstantin, Bizantion’un eski surlarının ötesinde yaptırdığı yeni bir surla İstanbul’u genişletmiştir. Şehrin nüfusu zamanla çoğalınca, İmparator Küçük Theodos’un sebaveti esnasında babası Antemius, kara tarafındaki ilk suru yıktırarak, 413 senesinde iki ay zarfında daha büyük olmak üzere yeni bir sur inşa ettirmiştir. Fakat 447 senesinde olan bir depremden dolayı yeni surun birçok yerleri, 57 kule ile beraber yıkılmış ve aynı sene vali Konstantin Küros’un nezareti altında tekrar yapılmıştır. Bu inşaata dair biri Altınkapı’da (yaldızlı kapı), diğeri “Ksylokerkos” kapısında olmak üzere iki kitabe konulmuş ve sura “Theodos Surları” adı verilmiştir.

İmparator Heraklius da kara surlarını genişleterek Eudemon (Eğrikapı) ve Blakherna (Ayvansaray) adlı bölgeleri, sık sık yapılan Avar akınlarına karşı korumak üzere surların içine almıştır. Heraklius’un yaptırdığı surlara “Blakherna Surları” adı verilmiştir. İsavralı III. Leon’un saltanat devrinde 750 senesinde, Theodos surları depremden dolayı hasara uğramış ve adı geçen imparator onları yeniden yaptırmıştır. İmparator Ermeni V. Leon, 9. asrın başlarında, ilk Blakherna surunu ikinci bir sur ve geniş bir hendekle takviye etmiştir. 1204 senesinde Lâtin işgali zamanında mevcut olan ikinci kara suruna dair bir kayıt bulunamamış olup banisi bilinmemektedir.

Sahil surlarına gelince, bunları ilk defa 439 senesinde Küçük Theodos, ondan sonra İmparator Alosimaros (III. Tiberius) ve Theofanes ve Cedrenus’un anlattıklarına göre, az sonra iktidara gelen Artemius inşa ettirmişlerdir. İmparator Theofilus da 9. yüzyılın başlarında, Konstantin Kopranimos’un zamanında hasar görmüş alçak surları yıktırmış ve yüksek olarak yeniden yaptırmıştır.

13. yüzyılda, İmparator Mihail Paleologos, sahil surlarını yükseltmiş ve Pachymeres’e nazaran kara surları gibi ikinci bir sahil suru yaptırmıştır. Bu İmparatorun halefi Andronikos Paleologos, gerek sahil gerek kara surlarını tamir ettirmiştir. Sultan II. Bayezid’in saltanat devrinde dahi surların bazı kısımları tamir edilmiştir. 1635 senesinde, Sultan IV. Murad, Revan Seferi’nde bulunduğu sırada, Kaymakam Bayram Paşa, yer yer hasara uğramış surları tamir ettirmiş, iç ve dış kısımları boydan boya beyaza boyatmıştır. Daha sonra 1655 yılında IV. Mehmed’in sadrazamı Boynueğri Mehmed Paşa, Limni Adası ve Bozcaada’nın Avrupalılar (Venedikliler) tarafından zaptı üzerine, düşman donanmasının ani taarruzu ihtimaline karşı bir tedbir olarak, şehre yeni ve azametli bir manzara vermek için surları badana ettirmiştir. Sadrazam, aynı zamanda, Ahırkapı’dan Yedikule’ye kadar surların üzerinde bulunan bütün evleri yıktırmıştır.

Sarraf-Hovannesyon eserinde Ayakapı’dan Fener’e kadar uzanan yerde, Rum zenginlerinin ve Eflak Boğdan beylerinin sıra sıra evleri olduğundan bahseder. Naklettiğine göre eskiden mezbaha ve mumhane de burada bulunuyordu. Yolun üzerinde, denize nazır olarak Yeniçeri kulluğu vardır.

Fener kapısının iç kısmında, 1797 senesinde yeniden yapılmış geniş bir bina olan muhteşem Rum patrikhanesi, Aya Yorgi Patrikhane Kilisesi etrafında metropolitlerin evleri olduğu; buradan Balat’a doğru uzanan yolun üzerinde, Suriçi’nde, keza Aya Yorgi adlı, güzel bahçeli ve geniş avlulu diğer bir kilise olduğu ve bu kilisenin Kudüs Rum patriklerine mahsus olduğu aktardığı bilgiler arasındadır.

Kömürcüyan ise 17. yüzyıl Fener semtini anlatırken şu bilgileri aktarır: “Petro kapısı denilen şu gördüğümüz kapı, şehrin on yedinci kapısıdır. Sur burada açıktır ve sahilde sıra ile Rum evleri vardır. Kapıdan içeri girilince burada sur iki kattır. Surun dahilinde iki tarafta, bugüne kadar kalmış olan Rum zadegânı ikamet eder.

On sekizinci kapı Fenerkapısı’dır. Bu kapının iç ve dış taraflarında Yunan milletine mensup olanlar oturur. İç tarafta Patrikhane ile metropolit haneler vardır. Rumlar, bugün, altı yedi yüz kese borç altında bulunmaktadır. Bunların patriklik mevkiini birbirinin elinden kapmak için yaptıkları çirkin hareketlere hayret ederim. Patrikhane üç defa yer değiştirmiştir. İlk yer, Büyük Konstantin’in zamanında inşa edilmiş olan Havariyun Kilisesi idi.

Sultan Mehmed, İstanbul’u fethettikten sonra kiliseyi temelinden yıktırdı ve mihrabı kıbleye müteveccih bir cami yaptırarak ona kendi adını verdi. Patriklik makamı, az aşağıda bulunan Panmakariston adlı kiliseye nakledildi. Fakat bu kilise de, Sultan Süleyman zamanında Rumların elinden alındı ve makam, Fenerkapısı’nda bugün bulunduğu, yere getirildi. Patrikhanenin yanında Kudüs Aydafos’u vardır. Bu avlulu ve bahçeli kilise, onların bir manastırıdır. Kudüs patriği  makamını bugün despot Dositeos işgal etmektedir. Kendisi selefleri ile beraber, tanıdığımız dördüncü patriktir.

Önünden geçtiğimiz yalılar Eflâk ve Boğdan beylerine aittir.  Bu evler, açık surdan kara cihetine nazır olup, buradan gelen geçenler seyredilebilir. Şimale doğru da Hasköy, Okmeydanı ve bir padişah bahçesi görülür. Daha ileride Yahudi evleriyle onlara ait çarşı vardır. Burada daha evvel söylediğim gibi, Rumlar, sahilde Yahudilerle karışık otururlar. Burada hayli zaman evvel yanmış bir kilise vardı. Moskof elçisi ikinci defa geldiği vakit, bu kiliseyi, halkın teselligâhı olarak yeniden yaptırmıştır.”

Evliya Çelebi de Seyahatname’de Fener’den bahsederken, Sultan Mehmed’in fetihten sonra Mora Rumlarını Fenerkapısı’na yerleştirdiğini söyler. Ve o dönemde Fener  semtinin meyhaneleri ve balıkçılarıyla ünlü olduğunu aktarır.

Günümüzde Fener semti, tarihin ve doğanın tüm yıpratıcılığına rağmen, bir film seti edasıyla, Bizans, Osmanlı ve Türk tarihini ve kültürünü ziyaretçilerine sergilemeye devam etmektedir.

Tüm insanlığın ortak hazinesi olan bir bölgenin yerel yönetimi olarak Fatih Belediyesi 1997’de UNESCO ile ortak girişimde bulunmuş ve Fener-Balat semtlerinin rehabilitasyon projesinin temeli atılmıştır.

Avrupa Birliği’nin 7 milyon Euro tutarında mali destek sağladığı bu projede bugün uygulama safhasında gelinmiştir.

Böylesine bir tarihi zenginliğin yanında bir o kadar da yoksulluğu bünyesinde barındıran Fener semtinde bu projeyle hedeflenen sadece yapıların tarihi dokusunun korunarak restore edilmesi değil, aynı zamanda mevcut nüfusun ekonomik ve toplumsal profilinin iyileştirilmesini sağlamaktır.