İstanbul’un kiliseden çevrilen ibadet yer­lerinden biridir. Edirne Kapısı’nın kuzeyinde, Haliç’e inen yamaçta bu­lunmaktadır. Kilisenin, 9. yüzyılın ilk ya­rısı içinde yazıldığı anlaşılan bir kaynakta,  Ayios Teodoros adında bir ki­şi tarafından 6. yüzyılda kurulduğu sanılır. Fakat ancak 8. yüzyılda manastırın varlığı kesinleşir.

Khora Manastırı ve Kilisesi’nin yeniden canlanışı 11. yüzyılın sonlarında, İmparator I. Aleksios Komnenos (1118) dö­neminde gerçekleşir. O sıralarda çok ha­rap durumda olan bu dini tesis, Aleksios’un kayınvalidesi Maria Dukaina tarafın­dan restore edilmiş, kilisesi de değişik bir mimaride yeniden yapılmıştır.

Şehrin 1204-1261 arasındaki Latin işga­li sırasında manastır ve kilisenin durumu­na dair bir bilgi yoktur. Bizans devleti 1261′de ihya edildikten sonra, saray ileri ge­lenlerinden Teodoros Metohites, manastır ve kiliseyi tamir ettirmiş (1316-1321), ge­nişletmiş ve kilisenin içini mozaik ve freskolarla süsletmiştir. Bütün bu çalışmalar 1303’e doğru başlamış ve 1320′ye doğru bitirilmiştir.

Şehrin Türk­ler tarafından 1453′te kuşatılması sırasın­da, o vakte kadar Sarayburnu’nda Hodegetria Kilisesi’nde bulunan ve şehrin koru­yucusu olarak kabul edilen Meryem ikona­sı, surlara en yakın yer olduğu için, Kho­ra Manastırı Kilisesi’ne getirilmiştir.

Kilisenin, fetihten sonra bir süre boş olarak durduğu sanılmaktadır. Nitekim sağdaki ek kanadın apsisinde fresko üzerine 15. yüzyılın sonlarına doğru sivri uçlu bir aletle kazın­mış bir İtalyan adı, bu sıralarda henüz ca­miye dönüştürülmeyen kilisenin içine ya­bancıların serbestçe girebildiğini gösterir. II. Bayezid dönemi (1481-1512) sadra­zamı ve Çemberlitaş’ta da camii olan Atik Ali Paşa (ö. 1511), kiliseyi camiye çevirerek vakfetmiştir. 953/1546 tarihli İstanbul Va­kıfları Tahrir Defteri’nde sadece iki satır halinde “Kenise Cami” (Kilise Camii) baş­lığı altında bildirilerek, Ali Paşa’nın Çemberlitaş’taki evkafına bağlı olduğu haber verilir. Türk döneminde bu ibadet yerinin adı “Kahriye” veya “Ka’riye Camii” olarak da söylenir olmuştur. Bugün ise Kariye şekli yerleşmiştir. Karye ise bir bakıma Khora’nın anlam bakımından Türkçesidir.

Kariye Camii, 1948′den sonra müzeleştirilmiş ve içinde İslam ibadeti ile ilgili hiçbir şey bırakılmamıştır. Yalnız sağ köşesinde yükselen ve şerefe kısmının geç yüzyıla ait olduğu belli minaresi kalmıştır. Müze idaresinin izni ile içindeki ahşap minber de çıkarılarak. Zeyrek Camii’nin bir bölümüne götürülmüştür. Böylece geride Türk dönemine işaret eden bir iz kalmamıştır.