Kulüp, ilk önce Haydarpaşa’da değil, Sirkeci’de, 1922 yılında, “Şark Şimendiferleri Kulübü” adıyla kurulmuştur. Takımın forma renkleri mavi ve laciverttir. Bugünkü yerine 1937 yılında taşınmıştır.
Kulüp, 1936 yılında yayınlanmış olan Beden Terbiyesi Yasası’na göre yeniden onaylanıp, bugünkü adını almış ve tarzını belirlemiştir. 1954 yılına gelindiğinde artık oturmuş bir spor kurumu olarak yüzme ve spor şubesi bünyesinden ayrılarak, “Deniz Spor Kulübü” adı altında yeniden örgütlenmiştir.
Bölgenin vazgeçilmez spor tesislerinden olan kulüp halen judo, güreş, futbol dallarında faaliyetlerine devam etmektedir. Gerek çalışmalarındaki titizliği, gerekse sporcularına sunduğu olanaklar sayesinde, takımlar ve sporcular çeşitli dallarda katıldıkları müsabakalarda pek çok başarı elde etmişlerdir. Kız judo takımı, Türkiye ikinciliğine sahip olmuştur. Sporcular, futbol ve diğer alanlarda da yeni başarılara imza atmak üzere çalışmaktadırlar.
Haydarpaşa Spor Kulübü’nün, Kadıköy-Haydarpaşa’da kendine ait bir lokali, bir halı sahası ve lokalin alt katında da, Hamit Kaplan adına adanan bir spor salonu bulunmaktadır. Kulübün yetiştirdiği güreşçiler, Dünya ve Avrupa şampiyonalarında başarı göstermişlerdir. Bu ünlü sporcularımız; Hamit Kaplan, Salih Bora ve Remzi Öztürk’tür.